なぜBlastはFastaよりも速いのですか？
質問者：Jaromir Baleiro |最終更新日：2020年6月26日
カテゴリ：科学遺伝学
FASTAはBLASTよりも低速ですが、スコアリングマトリックスの範囲がはるかに広いため、特定の進化距離に合わせて検索を調整するのが簡単になります。非常に高速ですが、 BLASTの感度がかなり低いのは、BLAT（ Blast Like Alignment Tool）です。
人々はまた、BlastとFastaとは何ですか？FASTAおよびBLAST 。 BLASTとFASTAは、過剰な配列類似性に基づいて相同DNA配列とタンパク質を特定する2つの類似性検索プログラムです。これらは、DNAおよびタンパク質の配列を既存のDNAおよびタンパク質データベースと比較するための機能を提供します。
同様に、Blastの結果はどういう意味ですか？その名前が示すように、 BLAST （基本的なローカルアラインメント検索ツール）は、配列類似性のローカル領域を識別するように設計されています。これは、 BLASTがデータベース内のクエリシーケンスとサブジェクトシーケンス間のシーケンス類似性の複数の個別の領域を報告する可能性があることを意味します。
簡単に言えば、ブラストとそのタイプは何ですか？
ＢＬＡＳＴ検索には多くの異なるフレーバーがあります：ＢＬＡＳＴＰはタンパク質－タンパク質配列比較を実行し、そのアルゴリズムは、ＢＬＡＳＴＸおよびＴＢＬＡＳＴＮなどの他の多くのタイプのＢＬＡＳＴ検索の基礎である。 BLASTXはヌクレオチドクエリをタンパク質データベースに対して検索し、クエリをその場で翻訳します。
ヌクレオチドブラストは何をしますか？
プログラムは、ヌクレオチドまたはタンパク質の配列を配列データベースと比較し、一致の統計的有意性を計算します。 BLASTは、配列間の機能的および進化的関係を推測するため、および遺伝子ファミリーのメンバーを特定するために使用できます。
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Fastaの完全な意味は何ですか？
FAST-すべて
いつBlastxを使用する必要がありますか？
blastxは6つのリーディングフレームすべてでクエリシーケンスを変換し、異なるフレームへのヒットの有意性統計を組み合わせて提供するため、クエリシーケンスのリーディングフレームが不明な場合や、フレームシフトやその他のコーディングエラーにつながる可能性のあるエラーが含まれている場合に特に便利です。 。
ブラスト検索は何を教えてくれますか？
バイオインフォマティクスでは、 BLAST （基本的なローカルアラインメント検索ツール）は、タンパク質のアミノ酸配列やDNAおよび/またはRNA配列のヌクレオチドなどの一次生物学的配列情報を比較するためのアルゴリズムおよびプログラムです。
Fastaは何に使用されますか？
バイオインフォマティクスおよび生化学では、 FASTA形式は、ヌクレオチド配列またはアミノ酸（タンパク質）配列のいずれかを表すためのテキストベースの形式であり、ヌクレオチドまたはアミノ酸は1文字のコードを使用して表されます。この形式では、シーケンス名とコメントをシーケンスの前に置くこともできます。
ブラストとは何ですか？それはどのように機能しますか？
BLASTは、最もよく機能する配列間のローカルアラインメントを検出することによって機能します。 BLASTコンピュータは、「クエリワード」と呼ばれる3文字の小さなセットで始まります。これらの文字は、特定の順序で3つのアミノ酸またはヌクレオチドを表します（たとえば、ヌクレオチドATCはこの順序で）。
ブラスト検索でのE値はどういう意味ですか？
E-値。 BLAST E-値は、偶然に見つけられた可能性のある同様の品質（スコア）の予想されるヒットの数です。 E-値10は、ランダムデータベースのサイズが同じである場合、偶然に最大10個のヒットが見つかると予想されることを意味します。
爆風の種類はいくつありますか？
利用可能な翻訳検索。翻訳されたBLAST検索には3つの種類があります。 「tblastn」、「blastx」、および「tblastx」。最初のバリアントである「tblastn」では、タンパク質配列クエリがヌクレオチドデータベース内の配列の6フレームの翻訳と比較されます。
Blastソーシャルメディアとは何ですか？
ソーシャルメディアの爆発の定義が何であるかを本当に簡単に明確にしましょう：あなたはあなたが好きではない何か、またはあなたを怒らせる何かを経験します。あなたは会社をオンラインでツイートするか、Facebookページに投稿します。あなたのツイートやFacebookの投稿は、最初にあなたが知っている人たちによって共有され、次にランダムな見知らぬ人によって共有されます。
タンパク質配列をどのようにブラストしますか？
ツールバーの「Blast」タブを選択して、BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）プログラムで配列類似性検索を実行します。
- タンパク質またはヌクレオチド配列（生の配列またはfasta形式）またはUniProt識別子をフォームフィールドに入力します。
- [ブラスト]ボタンをクリックします。
爆風のワードサイズは何ですか？
ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、「単語」を使用して、類似性の領域を核形成する。タンパク質配列のデフォルトのワードサイズは3残基で、ヌクレオチド配列の場合は11bpです。 blastn検索は7未満のワードサイズでは機能しません。経験則として、クエリの長さはワードサイズの少なくとも2倍でなければなりません。
PSIブラストは何をしますか？
位置特異的反復（PSI） - BLASTは、BLASTPプログラムの実行によって生成されたアライメントをオフ構築タンパク質配列プロフィール検索方法です。進化において、タンパク質の三次元（3D）構造は、それらの配列類似性がかなり侵食された後でも保存される可能性があります。
ブラストスコアとは何ですか？
BLASTスコアは、ローカルのギャップのないアライメントをスコアリングしています。ここでのスコアリングの理論はよく理解されています。データベースシーケンスは、進化的に無関係である、つまり互いに独立していると見なされます。アラインメントは、クエリとデータベースレコードに沿った特定の位置から始まります。
NCBIは何に使用されますか？
NCBIは、バイオテクノロジーと生物医学に関連する一連のデータベースを収容しており、バイオインフォマティクスのツールとサービスの重要なリソースです。主要なデータベースには、DNA配列用のGenBankと生物医学文献用の書誌データベースであるPubMedが含まれます。他のデータベースには、 NCBIEpigenomicsデータベースが含まれます。
Blastクエリカバーとは何ですか？
クエリカバーは、参照シーケンスと重複するクエリシーケンス（標本）のパーセンテージです。 BLASTの結果は通常、シーケンスの全長と一致しようとはしません。最初のトリアージの高いクエリカバー値は70％以上の範囲です。
爆風でE値0はどういう意味ですか？
たとえば、ヒットに割り当てられたE値1は、現在のサイズのデータベースで、偶然に同様のスコアで1つの一致が見られると予想される可能性があることを意味すると解釈できます。 E値が低いほど、またはゼロに近いほど、一致は「重要」です。
爆風の最大スコアは何ですか？
最大（最小）スコア。同じサブジェクト（データベース）シーケンスからのアラインメントされたセグメントのセットの最高のアラインメントスコア。スコアは、マッチ報酬とミスマッチ、ギャップオープン、エクステンドペナルティの合計からセグメントごとに個別に計算されます。これにより、通常、E値と同じ並べ替え順序が与えられます。
予測は爆発で何を意味しますか？
1つ追加すると、 PREDICTEDは、実際に翻訳された場合にタンパク質を与えるORF（オープンリーディングフレーム）があることを意味します。検証済みORFは、タンパク質を生成することが実験的に示されているものです。