シーケンス類似性とは何ですか？
質問者：Alix Zacchei |最終更新日：2020年3月26日
カテゴリ：科学遺伝学
配列類似性は、配列間の経験的関係の尺度です。配列類似性計算の一般的な目的は、配列相同性の可能性を確立することです。つまり、配列が共通の祖先から進化した可能性です。
ここで、配列類似性検索とは何ですか？配列類似性検索は、クエリ配列へのアラインメントを使用して配列データベースを検索する方法です。データベースとクエリシーケンスがどの程度一致しているかを統計的に評価することにより、相同性を推測し、クエリシーケンスに情報を転送できます。
上記のほかに、バイオインフォマティクスの類似性とは何ですか？ •類似性：2つの配列間の類似性の程度。通常、特定の長さのアラインメントにおける類似（または同一）残基のパーセンテージとして表されます。
配列の類似性と同一性の違いは何ですか？
配列アラインメントにおける類似性と同一性の主な違いは、類似性は2つの配列間の類似性（類似性）であり、同一性は2つの異なる配列間で正確に一致する文字の数であるということです。
パーセント類似性とは何ですか？
類似性の割合は、同一の残基に加えて「類似した」残基（通常はアミノ酸）をカウントします。アミノ酸間の類似性は、それらの化学的性質またはPAMマトリックスに基づいて定義できます。
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相同性の配列をどのように見つけますか？
タンパク質配列
- BLASTホームページに移動し、BasicBLASTの下の「proteinblast」をクリックします。
- シーケンスをクエリボックスに貼り付けます。
- 「生物」ボックスに目的の生物の名前を入力します。 BLASTボタンをクリックします。
- 目的のレコードをクリックして、上記の「タンパク質アクセッション番号」の下のステップ2に進みます。
タンパク質の類似性が遺伝子の類似性よりも高いのはなぜですか？
遺伝子の類似性のパーセンテージが、各種のタンパク質の類似性のパーセンテージよりも常に低いのはなぜですか？同じタンパク質が複数の異なる塩基配列によって作成される場合があり、異なる配列が同一のアミノ酸を生成することを可能にします。
FastaとBlastとは何ですか？
BLASTとFASTAは、過剰な配列類似性に基づいて相同DNA配列とタンパク質を特定する2つの類似性検索プログラムです。これらは、DNAおよびタンパク質の配列を既存のDNAおよびタンパク質データベースと比較するための機能を提供します。
パーセント配列同一性をどのように見つけますか？
2つのシーケンスの同一性のパーセンテージは、多くの異なる値を取る場合があります。たとえば、IDの数を次のように割ります。
- 最短シーケンスの長さ。
- アラインメントの長さ。
- シーケンスの平均の長さ。
- 非ギャップ位置の数。
- オーバーハングを除く同等の位置の数。
爆風のE値は何ですか？
BLAST E-値は、偶然に見つけられた可能性のある同様の品質（スコア）の予想されるヒットの数です。 E-値10は、ランダムデータベースのサイズが同じである場合、偶然に最大10個のヒットが見つかると予想されることを意味します。ブラスト結果は、デフォルトでE値でソートされます（最初の行でベストヒット）。
タンパク質のコンセンサス配列をどのように見つけますか？
コンセンサス配列は、共通の機能を共有する多くのヌクレオチド（またはタンパク質）配列を整列させ、次に各位置で最も一般的に発現されるヌクレオチド（またはアミノ酸）を決定することによって決定されます。多くの場合、保存された配列は、共通の機能または結合ドメインを反映しています。
DNA相同性とは何ですか？
生物学では、相同性は、異なる分類群の構造のペア、または遺伝子間の共通の祖先による類似性です。 DNAの2つのセグメントは、種分化イベント（オルソログ）または重複イベント（パラログ）のいずれかのために、祖先を共有することができます。タンパク質またはDNA間の相同性は、それらの配列の類似性から推測されます。
シーケンスアイデンティティとは何ですか？
シーケンスIDは、2つの異なるシーケンス間で正確に一致する文字の量です。これにより、ギャップはカウントされず、測定は2つのシーケンスのうち短い方に関係します。
アイデンティティは爆発的に何を意味しますか？
アイデンティティ。 2つの（ヌクレオチドまたはアミノ酸）配列がアラインメントの同じ位置に同じ残基を持っている程度。多くの場合、パーセンテージで表されます。 K.検索スペースサイズの自然なスケールと考えることができるBLASTスコアの計算に使用される統計パラメーター。
類似率はどのように計算しますか？
試したことはありますか（共通商品数/購入商品数）※100？これは通常、パーセンテージを計算する方法です。一般的なものの数を合計し、それを物の総数で割ります。
スコアリングマトリックスとは何ですか？
スコアリングマトリックスは、シーケンスアラインメントで2つの文字を照合することによって作成された相対スコアを決定するために使用されます。アミノ酸配列、ヌクレオチド配列、およびコドン配列のスコアリングマトリックスには多くの種類があり、それぞれが「既知の」相同配列のアラインメントに由来します。
ペアワイズアイデンティティとは何ですか？
類似性の程度と相同性の可能性を評価する目的で、2つの配列を並べて最大レベルの同一性（およびアミノ酸配列の場合は保存）を達成するプロセス。定義：ペアワイズアラインメント。
爆発のポジティブは何ですか？
BLAST出力に表示されるアラインメントのコンテキストでは、ポジティブは、基礎となるスコアリングマトリックス（デフォルトではBLOSUM62）でポジティブスコアを受け取る非同一の置換です。ほとんどの場合、陽性は、関連タンパク質でしばしば観察される1つまたは複数の保存的置換を示します。
ヘモグロビンとミオグロビンは同族体ですか？
ミオグロビンとヘモグロビンは、生理学的重要性が主に分子間酸素に結合する能力に関連しているヘモタンパク質です。ミオグロビンは、主に筋肉組織に見られる単量体のヘムタンパク質であり、酸素の細胞内貯蔵部位として機能します。
相同タンパク質とは何ですか？
2つのタンパク質は、それらの配列、構造、または機能に関係なく、共通の祖先を持っている場合に相同です。
バイオインフォマティクスの相同性とは何ですか？
構造生化学/バイオインフォマティクス/ホモロジー。 1948年にRichardOwenによって造られた相同性は、タンパク質のアミノ酸配列またはDNAのDNA配列の2つの異なるサンプル間で発生する一致を比較し、アラインメントで発生する同一/類似の一致にポイント値のシステムを割り当てることによって定量化されます。
ブラストアルゴリズムはどのように機能しますか？
BLASTは、最もよく機能する配列間のローカルアラインメントを検出することによって機能します。 BLASTコンピュータは、「クエリワード」と呼ばれる3文字の小さなセットで始まります。これらの文字は、特定の順序で3つのアミノ酸またはヌクレオチドを表します（たとえば、ヌクレオチドATCはこの順序で）。